日本において教皇庁の呼び方として「
法王庁」と「教皇庁」が混用されている。日本のカトリック教会の中央団体である
カトリック中央協議会では
1981年のヨハネ・パウロ2世の来日時に、それまで混用されてきた「法王」と「教皇」の呼び方(教会や歴史関係では、それ以前にも「教皇」の方が多く用いられていたようであるが)を統一しようと、世俗的な君主を思わせる「王」の字が入る「法王」でなく、「教皇」という呼び方への統一を定め、一般に呼びかけた。このとき、東京のローマ法王庁大使館においても「法王庁」から「教皇庁」への名称の変更を行おうとしたが、日本政府から「日本における各国公館の名称変更はクーデターなどによる国名変更時など特別な場合以外認められない」として認められず、「ローマ法王庁大使館」の名称が残った。このため日本のカトリック教会が「教皇」という名称に統一している現在においても、マスメディアでは日本の外交界における公式名称である「ローマ法王庁」が用いられることが多い。なお、文部科学省・文化庁・経済産業省や特許庁の公文書などでは、「教皇」、「教皇庁」と表示することもある。