基本的に、
大学を含む
文部科学省所管の研究所は、大学の講座と同じであり、
教授、
准教授、
助教(または、技官や学生)により構成されている。それ以外の研究所では、研究テーマごとに各
研究室に分かれ、通常は学生はいない。ここでは、技術または見習いスタッフ→
研究員(または研究官)→主任研究員(または主任研究官)、室長→部長→副所長→所長という階層構造を採用している機関が多い。
研究所は業務や整備計画を行うことは無い。民間研究所において、業務や整備計画を行うと、税制上の優遇措置が得られなくなる。大学は教育、若しくは大学病院での医療という業務と、研究を行う機関であり、通常研究所に分類はしない。各大学は研究所という名称の機関を持つことが多く、その研究所は大学との違いが名称のみとなり、本来大学に分類される。しかし、ここでは大学の附置研究所、大学共同利用機関法人は研究所として紹介する。