箱根火山の活動は約40万年前に始まり、何度も
噴火を繰り返して、約25万年前には古箱根火山と呼ばれる標高2,700m にも達する
富士山型の
成層火山が形成された。その後も噴火を繰り返し、約18万年前に空洞化した地下に山の中心部が陥没して大きな
カルデラが誕生した。このとき周りに取り残されたのが塔ノ峰、明星ヶ岳、明神ヶ岳、丸岳、三国山、大観山、白銀山など海抜1,000m 前後の「
古期外輪山」である。金時山は外輪山の一峰のように見えるが、古箱根火山の山腹から出た寄生火山(側火山)であった。
約3000年前には、神山北西斜面で山体の多くを崩壊させる大きな
水蒸気爆発が発生。これにより大涌谷が生まれ、水蒸気爆発によって引き起こされた
土石流により仙石原湖の半分以上が埋没して仙石原となり、また早川の上流部(現在の湖尻付近)がせき止められて
芦ノ湖が誕生した。