京都の社寺でも最も古い部類に入る。社伝では、
神武天皇の御代に
御蔭山に祭神が降臨したと伝える。また、
崇神天皇7年(
紀元前90年)に神社の
瑞垣の修造が行われたとの記録があり、この頃の創建ではないかとの説がある。一説には、
天平のころに上賀茂神社から分置されたともされる。上賀茂神社とともに奈良時代以前から朝廷の崇敬を受けた。平安遷都の後はより一層の崇敬を受けるようになり、大同2年(
807年)には最高位である正一位の
神階を受け、賀茂祭は勅祭とされた。
延喜式神名帳では
名神大社に列し、名神・月次・相嘗・新嘗の各祭の
幣帛に預ると記載されている。
弘仁元年(
810年)以降約400年にわたり、
斎院が置かれ皇女が
斎王として賀茂社に奉仕した。